依你所提的五種顏色分別代表的五行如下：
綠色→木
紫色→火
黑色→水
透明→金
咖啡色→土
五色是有典故的，五行跟五色都是起源中國先秦時代的民間思想，五色可配五音、五味、五方位、五藏、季節，理由是這五色可配合天道綱紀必須清楚不亂，否則失去秩序會有"天災人禍"。
天以五行,人以五臟
,生化五色,相生如環之常德.
五色者概分常色與變色:
青屬木化,赤屬火化,黃屬土化,白屬金化,黑屬水化,此乃五行所化之常色也.
排列順序，就是木→火→土→金→水
因一般五行相生為環型循環，但你為擺放瓶中，故無所謂的相生循環
建議依使用者個人的本命屬性同類水晶放置於最底層，再依序擺放
如此可以成為個人的開運法
另一種擺放方式為依個人所想求的願望擺放於最上層，再依序往下推
如希望有錢就將屬金(透明)放最上層
求愛情→屬火(紫)
求建康→屬木(綠)
求智慧→屬水(黑)
求家庭、事業→屬土(咖啡)
此法為配合五行之力催生出你的願望
水晶五行
五行 － 對應色系 － 對應水晶
金 － 白色 －
白水晶
木 － 綠色、紅色、淺紫色 － 綠幽綠髮、粉晶、紫晶
水 － 黑色、藍色 － 黑髮晶墨晶、藍紋瑪瑙、天然藍琉璃
火 － 紅色 － 紅髮晶
土 － 土黃色、咖啡色 － 土黃兔毛水晶、茶晶
水晶效能表
心靈天然水晶館 - 水晶功能表：
白水晶
Rock Crystal - 化學式（SiO2）
即透明無色或白色的水晶，天然的結晶形狀為六角柱形。
「白水晶」的能量相應人體七輪中的「頂輪」。可使個人頭腦清晰、精神爽利。
若在辨公桌或書台附近，擺放較大支的白水晶柱，更可幫助提高工作效率。
以「白水晶」做靜坐冥想、或經常配戴白水晶的飾物，將會加強個人的靈感泉源，和思想更為敏捷。
在靈修方面，因為「頂輪」活躍，將更容易收到來自「高層次」的訊息，和更有效地向「彼方」發放訊息。
應盡量避免將白水晶放近床頭，因為，牠會令人精神振奮，難以入睡。
紫水晶
Amethyst - 化學式（SiO2）
「紫水晶」的紫色，是因為有鐵元素（Fe）混入而成。
紫水晶的能量，相應人體七輪中的「眉心輪」。
最適宜將紫水晶放在工作台和書桌上，有助個人的思考力和創作力，甚至記憶力。開發「眉心輪」，將可全面提升個人的「智慧」，亦會加強身體各部份的「自癒」能力，即全面的身體健康。
多接近紫水晶，例如用以靜坐和經常配戴紫水晶飾物，能使個人的「氣場」裏，「紫光」特別顯現，得以增進人緣、多遇貴人。
在靈修方面，「眉心輪」的開發，即「第三眼」的功能亦會加強，那麼，個人的「視界」將會擴闊。也是西曆二月份的生辰幸運石。